日本的汉方学派是首先出现了以田代三喜（1465年-1544年）和曲直濑道三（1507年-1594年）为代表的“后世派” ；继而又出现了以贬斥宋明医学与《内经》、《难经》之说，独尊汉代张仲景《伤寒论》为主的“古方派”，在这两派的争鸣中，又逐渐产生出了一个既用古方，又用后世方派的“折衷派”；同时还出现了以多元孝等人为主的考证学派和以吉田意安等擅长针灸的针灸派。下面就对这几派做一个简单的介绍。

后世派。这一派的创始人是日本名医田代三喜（1465年-1537年）。15世纪末期，田代三喜就把李朱（金元四大家其中两人，李指李东垣，朱指朱丹溪）医学带回了日本。虽然田代三喜是日本后世方派的鼻祖，但真正将李朱医学和后世派发扬光大，并对日本医学进行革新的却是他的门人曲直濑道三，这位曾经受到了织田信长、丰臣秀吉等人厚待的名医，不但首创了腹诊术，同时他把自己的经验和古籍中的精粹结合起来，使汉方能更加适合日本国情，因此他被日本人民称为日本医学“后世派”的中兴之祖。

古方派。这一派是以中国汉代张仲景《伤寒论》为主体，反对宋明医学与《内经》、《难经》之说并结合自家的中医学术观点和临证实践而形成派系。其先驱者为甲斐武田氏的遗臣永田（一名长田）德本，他在受到坂净运推崇张仲景学说的影响后，也崇尚张仲景学说，反对曲直濑道三推崇的李朱学说。其后的名古屋玄医、吉益东洞等也属于“古方派”的名医。　

折衷派。这一派的代表人物不详，仅知这一派是介于上述两派之间，既主张遵奉古代经典医理，也重视使用宋、元以后的新方，明治时期又产生了兰（西医）汉折衷派，其代表人物为名医华冈青州、山胁东洋、中神琴溪、片仓鹤陵、浅田宗伯、石坂宗哲等。

考证派。这一派的代表者为多元孝，他们致力于对古典医学进行训诂学的考证。多元孝去世后，他的后代多纪元简继承了这项工作，多纪元胤又继多纪元简之后，广泛收集了历代中医书籍3000余种，记载其书名、作者、卷数、存佚、序跋及考证等，编成《医籍考》一书（今名《中国医籍考》）刊发于公元1831年，此书对整理、研究中医文献学作出了重要贡献。　

针灸派。这一派主要是以针灸疗法为主，其主要代表人物为吉田意休、杉山和一等人，吉田意休于1558年至1569年在大明学习针灸后，回国集合自己的经验写成了《针刺家鉴》一书。其子吉田意安后继承父业，创立了日本最著名的吉田针灸派。

田代三喜与曲直濑道三

田代三喜（1465年-1544年）生活的时代正是“局方”盛行的室町幕府未期，但他不随大流，独倡李朱医学，并使其风靡于关东一带，完全可说他就是日本李朱医学的开山祖师。

宽正六年（1465年），三喜降生于武州（今埼玉县）地区。本名导道，字祖范，三喜是他的通称。三喜在15岁那年立志继承父业成为名医，当时的医生多是寺院僧侣，他为学习医术，不惜落发为僧并加入了妙心寺派。

长享元年（1487年），时年22岁的三喜前往中国游学，当时中国医学界正是研究“金元四大家”理论的高潮时期,受这股热潮的影响，三喜对“金元四大家”中的理论学说可说是推崇备至。而其中影响三喜最深的就是李、朱两家，当时有一位来自日本的僧人月湖就寓居于钱塘行医，并着有《全九集》和《大德济阴方》各一卷。为了学习李朱医学，三喜投入月湖门下，用12年时间系统地学习了李、朱医学的理论，明应七年（1498年），学业有成的田代三喜带着恩师月湖授予他的全部知识以及《全九集》、《大德济阴方》等大批医学资料回到了日本。回国后的三喜先后在镰仓、古河，最后又回到自己的家乡武州行医。

三喜一派的医学特征是认为人得病主要是因为风湿二邪入体而造成的，当风湿进入人体内才产生寒暑燥火等病征，三喜就会以血、气、痰来解释因此而呈现的病况，而且在这三者中三喜又特别强调血和气的作用。在他行医一段时日后，仰慕其医名的曲直濑道三专程来拜访他，三喜将他收为入室弟子，并将毕生所学所知传授给了他。三喜的代表作是《三归十卷书》，这本书详细说明了日本化的李朱医学的全貌，是日本医学史上不可多得的一个珍品。天文十三年（1544年），三喜与世长辞，终年80岁。

曲直濑道三 （1507年-1594年）追随三喜学医12年，得其真传。道三在京都开设了启迪院，教育出800多位弟子。67岁那年，道三倾其全部心血调査了大量的古今内外医书，并通过记载与引用大量中国医籍且结合自己的临床经验后，终于集成医方秘典八卷，这就是日本第一部察证辨治全书——《启迪集》，此书可说是日本后世方派的代表之作，一度为日本医学界视为金科玉律而倍加尊崇。

道三还根据自己的临床经验写成了《出证配剂》一书，此书详尽地分析了各种疾病的常见及伴见症状，同时结合药物的药效开出处方。这种医学思想开创了日本“实证医学”的发展之路。因此也使曲直濑道三被人们敬称为“日本医学的中兴之祖”。文禄三年（1594年），道三先生在京都十念寺中去世，享年88岁。

吉益东洞与“万病一毒说”

吉益东洞于元禄十五年（1702年）出生于中国地区的安芸国（今广岛县），本名为则，东洞是他的号。东洞自幼跟随着父亲道庵学习医术，后来独创了前所未有的“万病一毒说”，被汉方医学界称为古方派的大成者。

东洞出身医学世家，先祖曾随遣唐使远渡中国学习医术。所以东洞19岁时立志于学习医学并投入了其祖父门下，那时的东洞特别着力于师法钻研中国汉代名医张仲景的名著——《伤寒论》，37岁那年，胸怀大志的东洞来到了京都，不久后就将姓氏改成了吉益。

东洞在三十岁时悟出了“万病一毒说”的理论，于50岁时他写成了著作《类聚方》，在《类聚方》中自序中他说的的第一句就是“学习医术，应该不拘泥于用某一种方药，要理解张氏书籍的特点，相同的药方也有不同的使用方法，所以此书名为《类聚方》。”在《家约》中他说：“万病起因皆为一毒，实际试验调整，这正是名医的心得，在这个世界上很多药物都是毒物，探讨以毒攻毒的问题，正是治病的方法。”

东洞一派学说的主轴是“万病一毒说”与“实证亲试”这两大支柱。“万病一毒说”认为疾病是因为后天生成的病毒侵入人体而造成的，要治病就要以猛药去除侵入人体的外邪，去毒是治理各种疾病的必要条件。而且东洞还主张眼见为主，他这种实证亲试的作风确立了实证主义的医学方法，因为生病时体内病毒的症状会在体表上出现，因为东洞他经常靠腹诊来确诊一种病。如此一来，日本伤寒论系的腹诊术便发达了起来。

    东洞一生的著作非常之多，其中最负盛名的是《方极》一书，后来又接连又出版了《类聚方》、《建殊录》、《医事或问》、《药征》、《方机》、《医断》等书。《药征》一书是东洞最后一本力作，对后世的影响无比巨大。安永二年（1773年），72岁的名医东洞逝世，被安葬于东福寺庄严院中。